Addgene移动到NGS验证由seqWell提供动力

由玛丽传动装置

去年对Addgene来说是令人兴奋的一年,因为我们推出了我们期待已久的产品病毒服务,但我们没有忘记质粒!现在,我们正在改进我们的质量控制流程,使用下一代测序(NGS)服务seqWell。这个新的质控流程将为您带来进入存储库的新质粒的全序列数据。继续读下去,了解更多关于这个过程是如何工作的,以及你可以在质粒页面上看到什么。

桑格测序

我们的可靠的质量控制方法使用Sanger测序,描述在一个以前的博文。这一过程需要引物退火上游感兴趣的区域,通常提供500-700个碱基的有用序列。我们通常使用1-2个桑格反应来验证感兴趣的特征,添加额外的反应来验证其他特征。虽然桑格测序是快速和廉价的,但它不能给我们一个完整的质粒的图片。

新一代测序

通过与seqWell的合作,Addgene现在可以利用NGS获得完整的质粒序列。这些额外的信息使我们更容易理解质粒所包含的特征、酶切位点等。简单地说,NGS技术在整个质粒上产生许多短的、约150-500 bp的“reads”,然后将这些reads组装成完整的质粒序列。这些类型的结果表示为完整的序列标题为“Addgene NGS Result”。你可以在下面的图片中看到Sanger提供的信息量和NGS测序提供的信息量之间的对比。

质粒图谱质粒的线性全序列

在我们向NGS技术过渡的过程中,我们一开始是通过查阅档案,获得许多目前还没有的流行质粒的全序列。很有可能,如果你看蓝色火焰质粒,我们已经有机会获得NGS结果了!对于任何进入我们的门的新质粒,我们正在使用NGS进行质量控制。

NGS技术虽然强大,但并不完美。和Sanger一样,NGS有时很难通过gc丰富的区域进行测序,包括常用的鸡β肌动蛋白(CAG)启动子。由于NGS从许多小序列中组装出更大的序列,具有重复序列的区域可能不能正确组装。如果我们得到的NGS结果是有用的,但不是100%完整的,我们仍然会将这些数据作为一个可用的部分序列标题为“Addgene Partial NGS Result”在某些情况下,关于我们的测序结果的更多信息可以在质粒页面底部的“存款人评论”部分找到。

社区资源

随着我们完成向基于ngs的质量控制的过渡,我们将发布有关这项技术的教育资源,包括更多的博客文章和教育教程。我们还会向你介绍seqWell是我们的NGS测序合作伙伴和新型plexWell技术的先驱。如果你有任何关于NGS的具体问题,请在下面的评论区告诉我们。我们也可以通过电话或在help@addgene.org回答您关于我们质量控制过程的问题!


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