FPBase:新的社区可编辑荧光蛋白数据库

由Guest Blogger.

这篇文章是由Guest Blogger提供的贡献哈佛医学院的研究助理塔利·朗伯特。

需要一个社区荧光蛋白数据库

正如2008年诺贝尔奖所公认的那样,荧光蛋白(FPS)已成为现代生物研究中最不vwin德赢娱乐平台可或缺的工具之一。任何显微镜都会告诉您,选择荧光探针(如有机染料或FP)是成像实验设计中最重要的步骤之一。然而,选择是非琐碎的,然而,由于FPS具有大量特性的复杂实体(颜色,亮度,光稳定性,成熟,寡聚化),其中许多是受环境条件(如温度,pH,融合)的显着影响蛋白质等......)。有许多在线指南 - 包括优秀的Joachim Goedhart系列帖子在Addgenvwin.com mobilee博客上——列出了选择FP时的各种重要考虑事项,但在做出这样的决定时需要的大部分主要数据仍然在介绍这些工具的出版物中传播。

下载荧光蛋白101电子书vwin德赢娱乐平台

几年前,Kurt Thorn.(当时的UCSF)开始努力整理一些当前“最好的”FPs,我与他合作开发了一个基于web的FP属性交互式可视化(后来变成了www.fpvis.org)。多年来,这个页面非常有用,当研究人员向我们寻求选择蛋白质的建议时,我们通常会把他们的建议作为起点。然而,人们可能希望存储的关于FPs的信息比目前在fpvis中表示的要多得多(完整的光谱信息、登录号、序列和谱系、烦恼效率,额外的参考等......)和更强大的数据库结构。当更新取决于单个人时,也难以扩展这种资源。有成千上万的科学家经常使用和思考FPS,它将具有集中式,社区可编辑的资源来存储和传播关于FPS的信息。

FPbase主页FPBASE.ORG.

FPBASE是用流行的数据库管理系统(PostgreSQL)在Python&Django中写的项目,其目的是有关荧光蛋白的信息,最终是一个全面的社区资源。vwin德赢娱乐平台它的设计旨在鼓励用户贡献(使用简单的Web表格),同时也保持相对严格的数据库设计(模式)。注册用户可以提交新的荧光蛋白,在现有蛋白质缺失时向其添加数据,或vwin德赢娱乐平台在找到错误信息时进行编辑(任何人都可以使用有效的电子邮件地址注册)。人们也可以简单地附上重要的参考资料,以进一步表征感兴趣的蛋白质(我们非常感谢即使是那些小的贡献)。当然,没有哪个社区可编辑的数据库可以避免数据提交不准确的风险,所以FPbase包括一个版本控制系统,允许用户查看给定页面何时发生了未经调整的更改,并查看以前的版本。目前,所有提交的资料都需要一个引用一级文献的DOI,提交后尽一切努力将所有数据与已发表的文献进行协调和交叉核对。

使用fpbase.

FPbase最明显的用例是寻找关于特定FP的信息;这可以直接使用搜索栏上主页(并在所有页面的顶部)。但是,数据库的全部意义在于以更强大的方式浏览或搜索信息高级搜索页面简化了构建高级多参数搜索查询的过程。在过去几年中寻找明亮的单体FP,排放峰值约为600nm?只需输入这些参数,您将找到匹配的FP建议。

在fpbase的高级查询生成器

如果你不确定你在找什么,那荧光蛋白质特性表提供数据库中所有蛋白质的主列表,以及交互式荧光蛋白属性可视化让我们能够从视觉上比较FPs以及它们之间的关系。此外,FPbase荧光光谱查看器可以用来比较激发和发射光谱时可用,并将很快特征滤波器光谱和收集效率的计算。有了~80个FP谱(在您的帮助下还在快速增长!),我相信这是最大的在线FP谱集之一。

每种蛋白质都有一个页面,上面有数据库中与该特定蛋白质相关的所有信息(例如:egfp.)。用户可以“收藏”某些蛋白质,或创建自定义蛋白质集合(如您或您的实验室经常使用的一组FPs),以便进行比较或方便检索。这些收藏页面可以保密,公开或共享(所以随时温和的你自己的版本的fpvis.org与你选择的蛋白质!),他们可以在JSON或CSV格式下载信息的快速检索所有数据库相关的一组蛋白质。对于希望在自己的项目和应用程序中合并FPbase数据的计算机熟练用户,a休息API.允许程序检索数据库中的大部分信息。

FPbase的未来发展计划

FPbase仍然处于开发的早期阶段,还有很多改进和细化的空间。目前的项目包括生物传感器、蛋白质进化谱系、双光子光谱、更精细的光谱分析工具,以及更好的存储和表示方法在学习内光漂白的比较。我们非常感谢反馈,所以试试这个网站和联系我们如果你有任何想法或要求。或者,如果你有Python的经验,在GitHub上叉并提交拉动请求。


非常感谢我们的博客·塔利·兰伯特!

Talley兰伯特Talley Lambert是哈佛医学院的研究助理。他管理细胞生物学显微镜,专门从事先进的光学显微镜。在Twitter或GitHub上关注他@ tlambert03

Addgene博客上的其他资源vwin.com mobile

在Addgene.org上的资源

点击这里订阅荧光蛋白博客文章

主题:vwin德赢娱乐平台,其他荧光蛋白工具

发表评论

分享科学刚刚变得更容易...订阅我们的博客

订阅