底漆设计。质粒映射。DNA序列分析。我们都拥有我们最喜欢解决这些特定任务的工具,但它们往往会分散互联网。为了帮助您保持虚拟分子生物学工具箱,今天的帖子包括一个地方的免费在线分子生物学工具列表。
质粒映射
这些工具用于查看,编辑或制备质粒图,但也可以分析和注释任何DNA序列。
- Scangene Viewer.:免费的Snapgene Viewer非常适合查看质粒贴图并查看测序迹线,而付费版本为质粒映射和设计提供了更多工具(图1)。
- 卧改:虽然您可能会想到卧式作为电子实验室笔记本,但它也有一套分子生物学工具,可以制作质粒图。免费学术用户。
- 基因组编译器:基于Web或桌面的基于桌面的质粒设计和映射。
- 串行克隆:基于桌面的基于桌面的软件,用于质粒设计和映射。
- APE(质粒编辑器):自由,捐赠的基于质粒分析工具,包括编辑,注释,创建地图等。该工具由犹他大学的M. Wayne Davis维护。
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图1:在蓝色火焰质粒pET21a-bira的Snapgene中产生的质粒图。 |
DNA /蛋白质数据库搜索和分析工具
- Addgene的分析序列工具:注释功能,爆炸,对齐,摘要,并转换序列。
- Nebcutter2.:用于寻找限制酶切割位点
- Webcutter 2.0.:用于寻找限制酶切割位点
- 开放阅读框架查找器
- Addgene矢量数据库:找到由出版物和市售来源组装的质粒的序列,以及沉积着加入的那些。
- NCBI Blast.:将核苷酸或蛋白质序列与数据库中的序列进行比较
- expasy翻译工具:使用所有六个开放阅读框架翻译DNA序列
- uniprot.:蛋白质序列和功能信息的数据库,例如表达模式,翻译后修改和多态性
- 密码子优化工具:要访问此工具,请设置IDT帐户。
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图2:Addgene的分析序列工具。 |
DNA序列操纵工具
有时,在分析它们之前,需要在某种程度上“清理”DNA序列或改变。这些工具有助于它。
- DNA序列反向补体工具:输入DNA序列,程序将为您提供反向序列,补充序列或反向和补充序列。
- 过滤DNA工具:从DNA序列的文本中删除非DNA字符,例如数字和空格,使其准备将其复制和粘贴到其他应用中
底漆设计工具
许多上述质粒映射工具具有内置的底漆设计工具,但这里有一些独立的普通底漆设计网站,以及用于不同克隆应用的底漆设计。
- PRIMER3.和primer3plus.:普通底漆设计
- 设计底漆克隆
- 用于融合克隆的设计引物
- Gibson组装和NEB HIFI DNA组装的设计底漆
- Oligoanalyzer工具从IDT:用于发夹分析,TM和引物二聚体估计和其他引物特性。
克隆连接反应计算器
这些链接可以帮助您计算不同类型的克隆方法所需的插入和骨干,例如限制酶克隆,Gibson组装或融合克隆。
- NEB结扎计算器:此工具适用于任何克隆方法。您可以从五个不同的插件中选择:骨干比率。
- 融合克隆摩尔比计算器
实验室数学计算器
这些计算器可以帮助您在实验室中执行的常见计算。
如果您正在寻找更多在线Molbio工具,请退房lab。LabWorm让科学家提交他们最喜欢的在线科学工具,然后投票给哪些工具是他们最喜欢的。这是找到新工具的好方法,也可以使用这些工具分享您的体验。
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addgene博客上的其他资源:vwin.com mobile
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