底漆设计。质粒映射。DNA序列分析。我们都拥有我们最喜欢解决这些特定任务的工具，但它们往往会分散互联网。为了帮助您保持虚拟分子生物学工具箱，今天的帖子包括一个地方的免费在线分子生物学工具列表。
质粒映射
这些工具用于查看，编辑或制备质粒图，但也可以分析和注释任何DNA序列。
- Scangene Viewer.：免费的Snapgene Viewer非常适合查看质粒贴图并查看测序迹线，而付费版本为质粒映射和设计提供了更多工具（图1）。
- 卧改：虽然您可能会想到卧式作为电子实验室笔记本，但它也有一套分子生物学工具，可以制作质粒图。免费学术用户。
- 基因组编译器：基于Web或桌面的基于桌面的质粒设计和映射。
- 串行克隆：基于桌面的基于桌面的软件，用于质粒设计和映射。
- APE（质粒编辑器）：自由，捐赠的基于质粒分析工具，包括编辑，注释，创建地图等。该工具由犹他大学的M. Wayne Davis维护。
 |
| 图1：在蓝色火焰质粒pET21a-bira的Snapgene中产生的质粒图。 |
DNA /蛋白质数据库搜索和分析工具
- Addgene的分析序列工具：注释功能，爆炸，对齐，摘要，并转换序列。
- Nebcutter2.：用于寻找限制酶切割位点
- Webcutter 2.0.：用于寻找限制酶切割位点
- 开放阅读框架查找器
- Addgene矢量数据库：找到由出版物和市售来源组装的质粒的序列，以及沉积着加入的那些。
- NCBI Blast.：将核苷酸或蛋白质序列与数据库中的序列进行比较
- expasy翻译工具：使用所有六个开放阅读框架翻译DNA序列
- uniprot.：蛋白质序列和功能信息的数据库，例如表达模式，翻译后修改和多态性
- 密码子优化工具：要访问此工具，请设置IDT帐户。
 |
| 图2：Addgene的分析序列工具。 |
DNA序列操纵工具
有时，在分析它们之前，需要在某种程度上“清理”DNA序列或改变。这些工具有助于它。
- DNA序列反向补体工具：输入DNA序列，程序将为您提供反向序列，补充序列或反向和补充序列。
- 过滤DNA工具：从DNA序列的文本中删除非DNA字符，例如数字和空格，使其准备将其复制和粘贴到其他应用中
底漆设计工具
许多上述质粒映射工具具有内置的底漆设计工具，但这里有一些独立的普通底漆设计网站，以及用于不同克隆应用的底漆设计。
- PRIMER3.和primer3plus.：普通底漆设计
- 设计底漆克隆
- 用于融合克隆的设计引物
- Gibson组装和NEB HIFI DNA组装的设计底漆
- Oligoanalyzer工具从IDT：用于发夹分析，TM和引物二聚体估计和其他引物特性。
克隆连接反应计算器
这些链接可以帮助您计算不同类型的克隆方法所需的插入和骨干，例如限制酶克隆，Gibson组装或融合克隆。
- NEB结扎计算器：此工具适用于任何克隆方法。您可以从五个不同的插件中选择：骨干比率。
- 融合克隆摩尔比计算器
实验室数学计算器
这些计算器可以帮助您在实验室中执行的常见计算。
如果您正在寻找更多在线Molbio工具，请退房lab。LabWorm让科学家提交他们最喜欢的在线科学工具，然后投票给哪些工具是他们最喜欢的。这是找到新工具的好方法，也可以使用这些工具分享您的体验。
您是否在当今帖子中有没有列出的在线分子生物学工具？在下面的评论中分享它们。
addgene博客上的其他资源：vwin.com mobile
addgene.org的资源：
发表评论