热质粒和病毒制剂 - 3月2021年3月

通过各种Addgenies

各种addgenies.2021年3月23日

每隔几个月，我们通过我们突出了存储库中的新质粒和病毒准备的子集热质粒的文章。这些文章提供了近期质粒沉积物的简要摘要，我们希望他们能让您更容易地找到并使用所需的质粒。

以下是你会在这篇文章中看到的内容:

单罐装配的表观遗传工程

虽然它很容易在其测序方面思考DNA，但体内研究应始终考虑DNA的染色质地（图1A）。实验室Karmella海恩斯在Emory最近向储存库贡献了一组质粒，这将有助于表述研究人员在大约一周内定制自己的工程质粒工具。占（某人）的便宜金门克隆哈伊恩斯实验室的协议。io协议描述了优雅的系统，其允许在“单罐”中有效，准确地允许多个DNA片段组装。

在DNA链中显示用于在DNA链中的色谱中的细胞内的核，以及组蛋白改性酶和读者效应蛋白的实例。以下是金门组件的示意图，具有潜在的合成色介质和探针的实例。

图1:单罐组装:a)核内染色质的图示-> DNA在组蛋白周围的压缩->组蛋白修饰酶和解读器效应蛋白的例子。b)金门组装(骨干可在Addgene获得)和潜在的合成染色质介质和探针的例子。从图片Priode等人。，2021。

潜在工具分为两类：探针和编辑。A probe array may consist of at least two sensor modules targeting a specific chromatin feature (e.g. a methylated histone such as H3K27me3), a linker between these modules (linker length can and should be varied as it can have important implications for the fusion protein effectivity), and a fluorescent protein tag for visualization (Fig. 1b). While the probes target chromatin to visualize DNA, an editor targets DNA (via catalytically inactive dCas9) to modify chromatin. A fluorescent protein can still be included for visualization purposes, but the key component of the editing assemblies are sensor-actuators, either转录监管机构或染色质调节酶。速度和灵活性单盆系统将允许调查人员快速准确地快速创造多种合成染色质蛋白质。

pride和Haynes，协议。2021.dx.doi.org/10.17504/protocols.io.brgcm3sw.

追踪细胞间相互作用的新系统

通过德赢在线

基于gf的触控Nexus (G-baToN)是瑞唐在中国开发的一种新型触控工具Monte Winslow的实验室在细胞间相互作用后标记细胞。使用G-baToN，“发送”细胞在细胞表面表达GFP，“接收”细胞在细胞表面表达抗GFP纳米体。当细胞相互作用时，GFP被转移到接收细胞，接收细胞变成绿色。该系统可用于多种细胞类型，包括内皮细胞-周细胞、神经元-星形细胞和肿瘤间质细胞对。

sGFP发送细胞编码一个表面GFP，该表面GFP与接收细胞上的抗GFP纳米体相互作用。发送单元为绿色，接收单元为灰色。

图2：发送者单元和接收器单元之间的交互的示意图。从图片唐等人，2020年。

G-baToN也可以应用于其他荧光团/抗体对。因为抗gfp纳米体与BFP发生交叉反应，表达表面BFP的发送细胞产生了BFP标记的接收细胞。更重要的是，G-baToN可以用来携带诸如蛋白质或DNA之类的货物，来操纵接收细胞的功能。人体由40万亿个细胞组成，G-baToN提供了追踪和调节细胞间相互作用的多功能。

Tang等人，eLife 2020。https://doi.org/10.7554/前辈.61080

一种新的工具套件，适用于型辅助诱导尺度（AID）系统C。elegans.

通过Alyssa cecchetelli.

生长素诱导degron (AID)体系已在国内外广泛应用秀丽隐杆线虫从2015年开始，条件降解细胞中感兴趣的蛋白质(张等人。，2015年）。最近病房实验室创建了一个作为工具为了扩展这些原始工具，允许使用基于成像的测量的时尚蛋白蛋白质降解和定量该耗尽（Ashley等人，2021年）。

这张示意图显示了标记在感兴趣蛋白质上的AID。当生长素结合时，它会给目标蛋白带来一种蛋白质复合物，使其被蛋白质体降解。

生长素诱导degron系统示意图。从图片Ashley等人，2021年。

AID系统依赖于运输抑制剂反应1 (TIR1)在特定的时空表达模式所需的启动子下表达，以及附着在蛋白质上的生长素诱导degron (AID)序列。TIR1与内源性Skp1和Cul3蛋白相互作用形成SCF E3泛素连接酶复合物。在生长素的存在下，TIR1复合物与degron序列结合，最终导致aids标记蛋白的降解。Ward实验室使用融合于AID*(最小44个氨基酸生长素诱导degron序列)标记蛋白的荧光蛋白(Fvwin德赢娱乐平台Ps)来量化蛋白质降解。蛋白质的降解也会导致FP的耗尽，这很容易看到。

该工具包包含非常有用的载体，与Gibson和Saptrap克隆系统兼容，以生成AID*标记的CRISPR敲入修复结构。这些修复结构可以通过CRISPR技术将标记的AID*整合到基因组中。该工具包包括一系列FPs和其他有用的标签，包括3xFLAG表位、TEV和BioTag，可用于蛋白亲和纯化研究。

Duong等人，遗传学2021。https://doi.org/10.1093/genetics/iyab006

Crisprcler

通过德赢在线

以下是近期CRISPR质粒的一些亮点。要找到Addgene提供的所有CRISPR质粒，请访问我们的CRISPR质粒和资源页面。

质粒用单一的AAV载体运送CRISPRi组件现在可以从Tonia Rex的实验室获得。
vfcrispr.或者非常快速的CRISPR，是一种由跆拳道HA的实验室开发的轻型诱导CRISP系统，其中CAS9-GRNA复合物结合靶DNA而不裂解，直至其被光激活。一旦激活，Cas9裂解可以在分钟内诱导DSB。
新的CRISPR.质粒为了包柔氏螺旋体burgdorferi来自Christine Jacobs-Wagner的实验室产生不同水平的DCAS9表达，含有不同的抗生素抗性标记。
新的CRISPR汇聚库凯斯·荣格和本杰明·克莱因弗实验室的研究成果现已可用。这些文库编码的目标位点两侧的随机核苷酸取代原间隔子邻近基序(PAM)。它们被用来确定Cas酶对PAM的需求。
CRISPR-是是Jiazhang Lian的实验室的一个新系统，可以同时进行基因激活，抑制和编辑单个Cas9-VPR酿酒酵母。
为了控制Cas9的活性和影响DNA修复途径，Amit Choudhary的实验室开发了一种化学系统将Cas9带入遍在蛋白连接酶进行降解。