2018年12月- C. elegans RNAi, TurboID,检测病毒爆发和蛋白质结合特异性工具

由各种addgenies.

热质粒加入

每隔几个月,我们通过我们的热质粒的文章。这些文章提供了最近质粒沉积的简要总结,我们希望它们能让你更容易地找到和使用你需要的质粒。如果你想写关于最近的质粒存款请签名这里

听一下热质粒这一集!

新的,高效的RNAi结构秀丽隐杆线虫基因敲低

文章提供的Alyssa Cecchetelli

Podcastrssbutton_tjf_2016_9_14(3)-01秀丽隐杆线虫RNAi播客段

RNA干扰(RNA interference, RNAi)被广泛应用于秀丽隐杆线虫研究基因功能研究。RNAi通常通过喂养实现大肠杆菌表达极Celegans.。这些DSRNA针对降解的特异性mRNA转录物。尽管这些实验在实际内在实际设置了多么容易,但RNAi通常完全无效或导致难以研究的低渗透性表型。为了克服这一点,大多数科学家使用突变动物,这些动物被遗传改变为过表达的内源性RNAi途径。然而,这些突变可以干扰其他遗传途径,使得难以将表型联系到通过RNAi靶向的基因。

最近Vellai实验室已经创造了一种改进的RNAi载体,在不需要突变基因背景的情况下,可以导致比标准RNAi协议更强的表型。标准的RNAi矢量,L4440,将一个目标基因放置在两个倒置的T7启动子之间。每个启动子的转录过程超过特定基因,产生长而非特定的RNA片段,这些RNA片段被整合到RNAi所需的dsRNA中。韦莱实验室的新质粒T444T.,包含紧邻T7启动子的T7终止子,以防止非特异性核苷酸并入dsRNA导致RNAi效率提高。

T444T RNAi向量

在这里找到T444T质粒!

strum a等。核酸研究。2018 PUBMED.PMID: 29924347


用涡轮增压和Minituro更快地贴上近距离标记

文章提供的埃里克珀金斯

Podcastrssbutton_tjf_2016_9_14(3)-01听取涡轮模和Minituro播客段

研究细胞膜、细胞器和其他亚细胞室的基本方法是通过蛋白质组学——研究这些结构中蛋白质的分布和相互作用。酶催化邻近标记(PL)利用一种混杂的标记酶和一个小分子底物来绘制活细胞中特定蛋白质的时空分布和相互作用网络直到最近,用于PL最常用的酶是APEX2生物。Apex2快速,在几分钟内标记近端蛋白,但需要h2O2,在活细胞中可能是有毒的。BioID源自生物素连接酶,使用毒性小得多的生物素进行标记,但过程要慢得多,可能需要好几天。

涡轮内接近标记VS APEX2 VS BIOID2015年,长期存放Addgene的实验室爱丽丝Ting用过的酵母显示的定向演变创建APEX2。它们现在已经施加了相同的定向演化技术,从衍生生物素连接酶,从而产生一对酶克服Apex2和Bioid的速度和毒性限制。在泰陵实验室最近自然生物技术论文他们描述了TurboID和miniTurbo,它们使用无毒的生物素,但标记的速度几乎和APEX2一样快。更重要的是,由于这些酶是在30℃的酵母中“进化”的,它们的功能范围要比BioID大得多,BioID只有在37℃时才能发挥最佳功能。TurboID和miniTurbo提高的效率使PL成为模型生物中蛋白质组学的一种可行方法,而在此之前它并不是一种选择,包括果蝇秀丽隐杆线虫。

在这里找到TurboID质粒!

Branon等人。NAT BIOTECHNOL。2018 PUBMED.PMID: 30125270


改变我们检测病毒爆发的方式

文章提供的Izzy Mueller.

Podcastrssbutton_tjf_2016_9_14(3)-01听病毒检测播客段

诺病毒检测测定概述

作为肠胃流感和食物传播疾病的主要原因,诺如病毒每年可以感染数百万人。因为它具有高度传染性,所以当它们浮出水面时,控制疫情至关重要。但是检测病毒需要花费时间和金钱,低浓度的病毒通常无法被检测到。的亚历山大绿色实验室找到解决方案:低成本,无细胞检测测定可以在没有特殊设备的情况下完成。更重要的是,检测基于对测定纸的颜色变化,因此没有必要的特殊设备或数据分析师。

这种化验是如何工作的?诺如病毒富含附着在磁珠上的合成抗体,这使得病毒很容易被浓缩。然后等温扩增病毒RNA,并通过a脚趾开关,可用于检测任何特异性RNA序列的存在的RNA传感器。在没有靶RNA序列的情况下(在这种情况下,Norovirus RNA),核糖体结合位点无法访问。然而,当存在靶RNA时,它与开关结合并暴露其核糖体结合位点,允许表达待表达造船开关上的基因。在这种情况下,该基因编码LacZ蛋白。曾经表达,LacZ复合物与LacZ形成活性LacZ四聚体。这种四聚体在测定纸上切割氯酚红B-D-半乳糖醇,使其呈紫色,允许容易地视觉检测诺罗病毒的存在。

虽然该测定特异于诺罗病毒的特定菌株,但是通过改变荷荷开关的序列,可以定制用于检测其他诺罗病毒菌株甚至其他病毒。例如,绿色也开发出脚跟开关来检测Zika病毒(可以在Addgene)。检测诺如病毒的质粒即将问世!

马等人。Synth Bio 2018. PubMedPMID:30370338。


SH3域系列揭示了新型肽配体图案

文章提供的迈克尔Lemieux

Podcastrssbutton_tjf_2016_9_14(3)-01听SH3域播客段

人蛋白质组含有一种促进蛋白质 - 蛋白质相互作用和介导生化过程的模块化结构域的宽度。其中最大,最能表征的是SRC同源性3(SH3)结构域系列,已知参与细胞骨骼控制,细胞生长和内吞作用。最近,西德集团在多伦多大学扩大了SH3蛋白的特异性图谱使用肽 - 噬菌体展示和深度测序,揭示它们与比以前认为的蛋白质基序的更大少的副本。西德的小组已经制定了几百个含有SH3结构域的质粒通过Addgene可用。

这些质粒可用于进行任何涉及蛋白质稳定性或结合实验的生化和生物物理研究。人们可能使用纯化的结构域进行的潜在实验包括蛋白质稳定性、小分子结合筛选、肽阵列和噬菌体展示选择。

除了这些构造,Sidhu实验室还做了通过Addgene可获得数百个额外的质粒,用于WW、PDZ等蛋白质结构域的研究。

SH3域可以用来描述与许多不同的结合伙伴的相互作用在这里查找SH3域集合!

Teyra等。结构2017. PubMed Pmid:28890361.


想要发送到您的收件箱的热质粒更新吗?注册我们的通讯!

主题:其他质粒工具,质粒

发表评论

分享科学变得更容易了……订阅我们的博客

订阅