由丙烯共享银杏生物化物合成:SARS-COV-2质粒用于许多表达系统

由各种addgenies.

经过将arnold.Shreya Vedantam

通过改善材料的可用性来加速研究是我们使命的核心部分。在没有这种情况下,这比目前的全球大流行更真实,科学家们在哪种疫苗,治疗药物和其他治疗中争夺Covid-19的传播。这就是为什么我们自豪地与银杏生物化物合作合成和分享SARS-COV-2质粒,以帮助学术和工业实验室加速研究,并帮助找到更快的解决方案到Covid-19大流行解决方案。当项目完成时,银杏将大约合成3,000个支持SARS-COV-2研究的构建体

虽然我们已经确认了每种质粒中的预期特征和序列,但这些构建体中没有一个通过银杏生物化物或加乙烯进行功能测试。如果您在实验中使用来自此系列的质粒并发布您的数据,请填这张表格我们将在网站上添加您的puSID页面。促成您的结果有助于其他研究人员使用这些质粒,并将您的研究提供更多可见性。

SARS-COV-2粒子 - 全球
图1:来自Philippa Steinberg的SARS-COV-2的插图IGI.

目前可寻求来自银杏生物价格的SARS-COV-2质粒是否可供申请?

目前,含有全部的质粒SARS-COV-2蛋白质编码基因大肠杆菌S. Cerevisiae.表达载体可在Addgene中获得。还提供含有各种尖峰蛋白变体的一组哺乳动物表达载体。在完成QC时不断加入质粒,您可以找到列出的所有可用质粒银杏的集合页面

细菌表达质粒

对于在细菌表达系统中使用的构造,Ginkgo合成的SARS-COV-2表达质粒在高拷贝骨架中,T7启动子驱动多种组合的WT,密码子优化,未标记,切割位点(凝血酶和TEV)和C.- 终端标签(strepii,3xflag,6xhis,mbp,myc)。这些构建体包括非结构蛋白1至16,穗蛋白,包膜小蛋白质和膜蛋白等蛋白质。尽管所有病毒组分可用于细菌表达质粒,但在非哺乳动物细胞中可能不容易地表达翻译后修饰的糖蛋白和其他蛋白质。

酵母表达质粒

酵母表达构建体含有与在细菌表达质粒中存在的蛋白质编码基因,标签,截断和密码子优化。每个组合都存在于两组骨干中,其使用TEF1或GAL1启动子驱动表达。这些载体旨在用于下游实验的SARS-COV-2蛋白的高水平表达和纯化,并提供标签,切割,密码子使用和表达系统的柔韧性。

哺乳动物表达质粒

最后,还提供了一组野生型和密码子优化,克隆到CMV驱动的表达载体中的SARS-COV-2S(尖峰蛋白)的全长和截断版本。这些包含没有标签,旨在用于生产假型VSV粒子(Fukushi等,2008)。

什么质粒即将推出?

银杏每周存入新的建筑,因为在接下来的几周内被合成(300-400 /周)。他们提供了一个有组织的表格,所有构造的摘要他们计划合成包括:

  • 额外的哺乳动物表达构建体
  • 截短的穗蛋白构建体,用于表达和制作VSV假纲病毒SARS-COV-2
  • 在T7启动子下含有较大段的病毒DNA片段的质粒
  • 含有SARS-COV-2蛋白编码基因截短的额外细菌和酵母表达载体

浏览银杏生物化物Covid-19质粒系列

Covid-19中载加油质量控制

我们收到银杏的第一组含有SARS-COV-2蛋白编码基因的质粒大肠杆菌S. Cerevisiae.3月下旬的表达向量。在现场初始收据后,第一套383个构建体仅次于三周。

为了让科学家可用的质粒迅速意味着我们必须改造一些质量控制流程。对于许多其他人Covid-19在我们收藏中的相关质粒,我们依赖于Sanger测序作为第一次通过QC。实验室团队手动转化,无罪,并对小批次样品进行DNA微型液体。一旦该过程完成,QC科学家通过将这种分离的质粒DNA与适当的测序引物混合,并将其向我们的Sanger提供者送到我们的Sanger提供者。这些结果在8-12小时内回来,第二天首先分析了第一件事。没有什么比唤醒新的数据!然后将这些相同的质粒加入到我们正常的全质粒NGS队列中,以便在我们较慢,更传统的,QC过程中引入一致性。虽然这适用于SARS-COV-2材料的早期套装,但它不会符合来自银杏的数千种质粒。

为了满足确保我们严格的QC标准的同时平衡速度的需求,与我们的标准管道相比,我们采用独特的混合方法。为了第一〜50质粒我们执行我们的NGS标准全质粒测序。Addgene的QC科学家立即筛选这些质粒,以确认它们包含预期的特征并没有突变。

一旦样品到达,每组板都会选择由NGS制备和筛选的样品,以发现样品,其余的将被放入我们称之为“存档”的状态。这种状态允许我们储存质粒并使他们可以在科学家们提供全部耗时,昂贵,费力的QC的所有几千个质粒。科学家们要求的任何样本都将立即被我们的QC科学家筛查,以确认质粒包含所有预期功能并满足我们的QC标准。如果确定了任何疑虑,我们可以迅速保持所有订单,并提醒任何要求质粒的科学家。通过利用我们的核心筛选和使用高吞吐量平台的核心优势,通过修改核心操作中的某些过程,加入和银杏的使用幅度突触。

因为它已经在世界大部分地区,我们发现自己适应了一种新的做事方式。这些新流程一直在实现我们的使命,帮助科学在全球大流行中间移动。这些质粒的接触确实是全球性的。帮助科学家加速研究是我们在这里的目标,我们很高兴在这个关键的时间内能够这样做。

访问我们的Covid-19质粒和资源页面!

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参考

Fukushi S,Watanabe R,Taguchi F(2008)假型叠片口腔炎病毒分析SARS Coronavirus尖峰蛋白介导的病毒进入。在:分子生物学中的方法。Humana Press,PP 331-338https://doi.org/10.1007/978-1-59745-181-9_23

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