科学家绘制sars - cov -2-人类互动网络图

客人的博客

这篇文章由来自UCSF Qbi Coronavirus Research Group的Manon Eckhardt和Melanie Brewer。

这只是我们一切敏锐地意识到SARS-COV-2的威胁。与科学界的许多人一样,我们有动力做任何事情以及我们可以帮助找到治愈和快速的一切。通常药物发现是一个需要数年和数百万美元的过程,如果不是数十亿美元,而且通过从新方向接近它,我们希望能更快地做到这一点。

多年的科学,在几周内完成

实验室里的四名科学家正站在实验室的长凳之间,手里拿着一箱箱装着将要运出的质粒的包裹
图1:在一天内发送80个联邦快递信封——同时保持社交距离。从前到后:David Gordon, Jeff Guo, Fengbo Zhou, Paddy O 'Leary (UCSF)。

我们的方法是发现可靶向的关键人类蛋白(希望通过现有的安全、有效且已获fda批准的治疗方法)。这是一项艰巨的工作,但在领导下妮娃Krogan在UCSF,我们汇集了来自20多个实验室的科学家网络来形成QBI冠状病毒研究组为了做到这一点。

在一个月的时间里,我们发布了一个文章BioRxiv描述了一种综合的SARS-COV-2病毒 - 人类相互作用网络,其中我们表达了26个SARS-COV-2病毒蛋白中的26个中的人体细胞中的26个,并使用这些病毒性“诱饵”蛋白来用于与之相互作用的人的“猎物”蛋白质病毒。结果,我们鉴定了332例人蛋白,病毒与细胞相互作用。Because viruses rely on the help of human proteins in their lifecycle, identifying these potential human helpers of SARS-CoV-2 (especially the ones that are druggable) is a key step in our strategy to throw a therapeutic monkeywrench into the virus’ hijacking of human cells. Even better, more than half the drugs hitting these proteins are FDA-approved or in clinical trials or preclinical studies already. We are following up on these leads as we speak, with collaborators in Paris and New York.

我们希望你们加入到抗击冠状病毒的斗争中来

我们只是理解SARS-COV-2如何与人类蛋白质相互作用的开始。例如,我们在我们的第一次研究中使用了HEK293T细胞,但我们计划很快扩展到其他细胞类型,包括更多生理相关系统,以捕获所有重要的互动。确定我们在地图中发现的人类互动者是否对病毒复制产生影响也很重要。虽然我们和我们的合作者正在启动这些实验,但我们可以使用整个科学界的帮助。您可以成为在全球范围内加入的下一个科学家对抗SARS-COV-2。正如我们在大流行中的各种方式受到影响,很明显,我们必须坚持(6英尺分开),打击新的冠状病毒。

为了帮助你开始,这里有一些关键的细节。我们的这组构建包括除Nsp3和Nsp16之外的所有SARS-CoV-2病毒蛋白,并包括病毒蛋白酶Nsp5的催化死亡版本。我们的集合还包括一个作为控件的GFP构造。为了便于携带,所有病毒基因都被埃森我和Bamh.我限制网站-所以克隆项目应该是有趣和直接的。所有结构物都带有2xstrep标签,便于检测和亲和纯化。所有但是一个在plvx矢量背景,因此,如果您需要,您可以将它们包装到慢动动力向量中。vwin668另外,它们具有IRES-puro标记,以促进稳定的细胞克隆选择。表达是由一个相当强烈的ef1alpha启动子驱动。我们通过蛋白质印迹验证了25个构建体的正确大小的蛋白质的表达,并确认了通过质量规格的表达,两种剩余病毒蛋白。只有NSP11跑得比预期更大,而ORF7B在我们的研究中给出了大量背景 - 所以你可能想要小心这些克隆(并帮助我们弄清楚那里发生了什么!)。

找到克罗根实验室SARS-CoV-2质粒

(注:Nsp6结构正在进行QC,很快就可以使用了。注册电子邮件提醒克罗根实验室的Addgene页面收到通知!)

攻击冠状病毒,一次一个联邦快递包

自从我们的论文发表以来,我们的团队被要求与其他研究人员分享我们的质粒的请求淹没了。我们很高兴看到如此多的兴趣,因为这意味着更多的科学家将更快地研究这个问题。

堆栈的联邦快递包裹坐实验室长凳
图2:通过一行的联邦信封在线获取我们的研究,等待将从UCSF的克洛克实验室出货。

我们的团队成员(喊出玛格丽特•Soucheray杰夫•郭Paddy奥利里Fengbo周,海琳Foussard,和戴夫·戈登)相当繁忙的航运和发送质粒为所有请求的人——在世界各地的位置,遥远如欧盟、俄罗斯、印度和沙特阿拉伯,以及在美国和加拿大离家更近的地方。事实上,我们收到了如此多的申请(175份,还在不断增加),以至于我们一度用完了联邦快递的供应品,不得不向加州大学旧金山分校的其他实验室求助(QCRG网络又来拯救我们了!)此外,我们必须提一下,我们的联邦快递员是最棒的:谢谢你,托德!

正如您可以想象的那样,在共享电子表格中接收持续的电子邮件请求并在共享电子表格中手动跟踪其履行,从我们的研究需要时间。出于所有这些原因,QCRG很高兴与Addgene合作,谁将接管分配,以扩大甚至更快地展开这一点的科学家网络。

如果您想了解我们在QBI或QCRG所做的工作,继续致力于COVID-19治疗,请务必在Twitter (qbi_ucsf.KroganLab),Instagram,脸谱网

在Addgene*找到更多COVID-19和冠状病毒相关质粒和资源


侬ruth头像Melanie Brewer爆头

非常感谢我们的客人博客Manon Eckhardt(左)和萨兰妮啤酒(右)旧金山加利福尼亚大学。

Manon Eckhardt和Melanie Brewer是UCSF QBI科学传播团队的成员。他们特别感兴趣的是促进合作科学,并使它为所有人,而不仅仅是科学家!

*如果您需要用于冠状病毒或COVID-19研究的质粒,请发送电子邮件至Addgenehelp@addgene.org.使用您的订单号,因此它可以优先考虑。

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