如果您使用试剂盒进行DNA净化或使用DIY净化协议，您可能已经注意到有许多选项可以洗脱您的DNA准备。您可能会看到建议在水中洗脱的协议，TRIS-EDTA（TE），只是TRIS缓冲区或其他一些变体。这有什么不同吗？简短的答案：是的。最后一步将影响样本随时间的稳定性，并确定您可以有效使用DNA的实验。
pH和DNase会影响DNA稳定性
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| 图1：这么多选择！该怎么办？ |
可以影响溶液中DNA稳定性的主要因素是pH和DNase污染。
极端pH可以变性，断裂，甚至改变DNA序列。高pH有利于氢键的破裂，稳定地稳定分子并有利于两个螺旋的分离。低pH改变导致负责DNA螺旋糖骨架的酯键的破裂，或者甚至通过所谓的机制改变DNA序列疏皮。在基质中，糖苷键的水解导致来自DNA的嘌呤（腺嘌呤或鸟嘌呤）的释放。这些茴香位点如果在双链DNA通过基础切除修复修复，但可以导致单链DNA中进行复制的突变。
另一方面，DNase可以消化和降解双螺旋，片段化质粒DNA，PCR产物或染色体。质粒DNA提取和纯化期间降解的主要原因之一大肠杆菌是由基因编码的蛋白质内切核酸酶的存在终点。如今，最多常见的大肠杆菌菌株用于质粒扩增是终点阴性，意味着基因已被移除/突变以中和核酸酶活性。对于仍然携带该基因的菌株，通常存在额外的步骤，如热灭活，蛋白质降解和/或使用可以在纯化方案中引入的螯合剂以除去内切核酸酶活性。
由于这些原因，选择正确的解决方案是基本的，它将影响您能够在不具有实质性退化的情况下存储样本的时间，并且您可以使用质粒的实验。
DNA洗脱选择：TE，TRIS缓冲或水
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| 图2：TRIS-EDTA，TRIS或水？您选择的缓冲区可能会影响您的下游实验。 |
TE（10mM Tris-HCl，1mM EDTA，pH 8.0）缓冲液是最好的缓冲液，用于保持长时间的制备稳定性。TRIS缓冲液控制pH，而EDTA螯合任何二价阳离子，如MG2 +，防止DNase的活性。虽然保持DNA的稳定性非常重要，但它将限制您可以根据这些样品进行的。这是因为二价阳离子是必需的辅助型辅助因子，用于许多用于现代分子生物学的工具，如限制性酶和聚合酶。在您需要在TE中使用质粒的情况进行任何酶反应，有效的可能性是在水中稀释样品以降低EDTA浓度。
或者，如果优先级直接在涉及酶反应的任何下游施用中使用DNA制剂，则有效的替代方案可以是TRIS缓冲液（没有EDTA）或水。这些是公司通过其套件提炼质粒DNA的两种选择。使用TRIS缓冲液的优点是它可以更好地控制稳定质粒的pH制剂，并且仍然允许大部分下游加工。另一方面，核酸酶是一种很好的选择，因为它为如何在每种类型的实验中使用质粒提供了极大的多功能性。两种解决方案可能在其延长时间内储存期间保持DNA稳定性的能力不同，特别是在室温或4℃下。
存储DNA：温度和寿命
当你刷你的DNA时，你应该考虑一些更多的东西：你打算储存它以及多长时间。最常见的解决方案是将质粒保持在-20℃或甚至在-80℃下，在这种情况下，可以在水中洗脱或在偏好的缓冲液中洗脱，并且多年来它将是稳定的。质粒DNA可以稳定短时间内4°C或均匀的室温，有迹象表明在这些条件下，TRIS缓冲液比水更好。
下次您进行质粒准备，在将洗脱缓冲液放入DNA之前详细计划。了解你想要使用质粒DNA的方式可以帮助您选择存储和洗脱DNA的最佳方式。
参考
Murakami M（2013）评估DNA质粒储存条件。公开生物技术杂志7：10-14。https://doi.org/10.2174/1874070701307010010
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